Indiscusso protagonista di Scrubs, Medici ai primi ferri, è J.D., cioè Zach Braff nei panni di John Dorian, un neodottore che racconta la sua vita ospedaliera, farcita di episodi divertenti affiancati alla sua evoluzione come medico e come persona.

Compagni di viaggio di J.D. sono: il suo migliore amico, il chirurgo Turk e la moglie infermiera Carla, la goffa D.ssa Reid e il burbero Dottor Cox, l'irreprensibile primario Bob Kelso, l'inserviente (no, non ha un nome, è solo l'inserviente) e il povero Ted, avvocato dell'ospedale.

Caratteristica della serie sono i sogni ad occhi aperti di J.D. a cui spesse volte basta guardare verso l'alto per vagare con la fantasia e far compiere nella fantasia, azioni assurde a lui e ai suoi amici.
Questa geniale serie, prodotta da Bill Lawrence, si basa totalmente sull'universo di J.D., sul suo lavoro di dottore al Sacro Cuore e sulle sue vicissitudini personali, ma anche su quelle di Chris Turk che nel corso della serie, prima si fidanza e poi sposa Carla Espinoza da cui ha anche un bambina. Anche la D.ssa Elliott Reid ha un ruolo importante nella vita di J.D., infatti diversi sono i tira e molla che i due affronterrano prima di lasciarsi, sembra, in maniera definitiva. Il burbero e cinico Dr. Cox, è il mentore di J.D., ma la cosa che più odia al mondo è proprio l'affetto che gli dimostra il protagonista della serie.
Bob Kelso, sembra il peggior primario e la peggiore persona di questo mondo, ma di lui scopriremo un animo gentile nel corso delle puntate, di Ken Jenkins, il grande attore che interpreta questo personaggio, sono alcune delle battute storiche del telefilm.
L'inserviente è il nemico giurato di J.D. a cui da filo da torcere fin dal primo giorno, è anche innamorato della dottoressa bionda, nomignolo con cui chiama la Reed, Ted è invece l'avvocato dell'ospedale, vive ancora con la mamma ed è completamente succube di Kelso.